Cross-Evaluation of entity linking and disambiguation systems for clinical text annotation


Thorne, Camilo ; Faralli, Stefano ; Stuckenschmidt, Heiner



DOI: https://doi.org/10.1145/2993318.2993345
URL: http://publications.wim.uni-mannheim.de/informatik...
Weitere URL: http://www.slideshare.net/semanticsconference/cami...
Dokumenttyp: Konferenzveröffentlichung
Erscheinungsjahr: 2016
Buchtitel: SEMANTiCS 2016 : 12th International Conference on Semantic Systems : Leipzig, Germany September 12 - 15, 2016 : proceedings
Seitenbereich: 169-172
Veranstaltungstitel: 12th International Conference on Semantic Systems
Veranstaltungsort: Leipzig, Germany
Veranstaltungsdatum: September 12–15, 2016
Ort der Veröffentlichung: New York, NY
Verlag: ACM
ISBN: 978-1-4503-4752-5
Sprache der Veröffentlichung: Englisch
Einrichtung: Fakultät für Wirtschaftsinformatik und Wirtschaftsmathematik > Practical Computer Science II: Artificial Intelligence (Stuckenschmidt 2009-)
Fakultät für Wirtschaftsinformatik und Wirtschaftsmathematik > Semantic Web (Juniorprofessur) (Ponzetto 2013-2015)
Fachgebiet: 004 Informatik
Freie Schlagwörter (Englisch): Entity linking; semantic annotation; DBpedia; clinical NLP
Abstract: In this paper we study whether state-of-the-art techniques for multidomain and multilingual entity linking can be ported to the clinical domain. To do so, we compare two known entity linking systems, BabelFly and TagMe, that leverage on Wikipedia and DBpedia, with the standard clinical semantic annotation and disambiguation system, MetaMap, over the SemRep clinical word sense disambiguation gold standard. We show that BabelFly and especially TagMe, while achieving decent precision on clinical annotation, outmatch MetaMap's F1-score.




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