Protein structure prediction: improving and automating knowledge-based approaches

Tosatto, Silvio

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URN: urn:nbn:de:bsz:180-madoc-473
Document Type: Doctoral dissertation
Year of publication: 2002
Publishing house: Universität Mannheim
Evaluator: Männer, Reinhard
Date of oral examination: 19 April 2002
Publication language: English
Institution: School of Business Informatics and Mathematics > Informatik V (Männer -2008)
Subject: 004 Computer science, internet
Classification: CCS: J.3 ,
Subject headings (SWD): Computational chemistry , Proteinfaltung , Algorithmus
Individual keywords (German): Proteinstrukturvorhersage , Bioinformatik
Keywords (English): Protein structure prediction , bioinformatics
Abstract: This work presents a computational approach to improve the automatic prediction of protein structures from sequence. Its main focus was twofold. An automated method for guiding the modeling process was first developed. This was tested and found to be state of the art in the CASP4 structure prediction contest in 2000. The second focus was the development of a novel divide and conquer algorithm for modeling flexible loops in proteins. Implementation of the search procedure and subsequent ranking is presented. The results are again compared with state of the art methods.
Translation of the title: null (German)
Translation of the abstract: In dieser Arbeit wird ein Computerverfahren zur Verbesserung der automatischen Vorhersage von Proteinstrukturen aus der Sequenz vorgestellt. Der Schwerpunkt ist dabei zweigeteilt. Ein automatisches Verfahren zur Steuerung des Modellierungsprozesses wird zuerst vorgestellt. Dieses wurde 2000 im CASP4 Strukturvorhersagewettbewerb am Stand der Forschung getestet. Der zweite Schwerpunkt lag in der Entwicklung eines neuartigen divide and conquer Verfahrens zur Modellierung von flexiblen Schleifenbereichen in Proteinen. Die Implementierung und anschliessende Generierung einer Bewertungsfunktion werden besprochen. Die Ergebnisse werden ebenfalls mit dem Stand der Forschung verglichen. (German)
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Das Dokument wird vom Publikationsserver der Universitätsbibliothek Mannheim bereitgestellt.

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